Stalinin ölümündən sonra SSRİ-də başlayan siyasi rejimin istiləşməsi prosesi dövlətin cəmiyyət üzərində yeni, daha loyal nəzarətinin formalaşmasına imkan yaradır. Totalitarizmin Stalin modelinin təftiş edilməsi Azərbaycan və Ermənistanda rəhbərliyin dəyişməsi ilə müşayiət olunur. Stalinin ölümündən düz bir ay sonra – 1953-cü il aprelin 6-da Mircəfər Bağırov Azərbaycanda, noyabrın 28-də isə Qriqori Arutinov (Arutyunyan) Ermənistanda birinci katib vəzifəsindən kənarlaşdırılır.
Bağırov epoxasının sonu və Azərbaycan SSR rəhbərliyində genişmiqyaslı yeniliklər respublikanın idarəetmə strukturlarında da dəyişikliklərə səbəb olur. Daxili işlər və dövlət təhlükəsizlik nazirliklərinin birləşməsi digərlərindən daha tez həyata keçirilir. Nəticədə 3 may 1954-cü ildə Azərbaycan SSR Nazirlər Soveti yanında Dövlət Təhlükəsizlik Komitəsi (DTK) yaradılır. Heydər Əliyev 1950-ci illərin ortalarından etibarən DTK-nın əks-kəşfiyyat şöbəsində rəhbər vəzifələrdə çalışır.
Yeni sovet lideri Nikita Xruşşovun Stalin şəxsiyyətinə pərəstişi ifşa edən çıxışı ilə yadda qalan Sovet İttifaqı Kommunist Partiyasının (Sov.İKP) 1956-cı ilin fevralında keçirilən ХХ qurultayının yekunları Zaqafqaziyanın sovet respublikalarında müxtəlif cür qəbul olunur. Əgər o, Azərbaycanda milli dilin və dəyərlərin inkişafı üçün mübarizəni stimullaşdırsa, Ermənistanda qonşu respublikalara və Türkiyəyə ərazi iddiaları ideyasını yenidən gündəmə gətirir.
1923-cü ildə Azərbaycan SSR tərkibində Dağlıq Qarabağ Muxtar Vilayətinin (DQMV) yaradılmasının ermənilər tərəfindən problemin həlli kimi qəbul edilmədiyi və onların bu ərazini anneksiya planından imtina etmədikləri aydın idi. İosif Stalinin ölümündən sonra erməni partiya rəhbərliyi müxtəlif səviyyələrdə bu məsələyə dönə-dönə qayıdırlar.
Artıq bu hərəkat təkcə partiya rəhbərliyi səviyyəsində həyata keçirilmir, özündə erməni katolikosu da daxil olmaqla Ermənistanın müxtəlif sosial təbəqələrinin nümayəndələrini birləşdirən daha geniş çevrənin ali ittifaq partiyasına və dövlət orqanlarına imzalar, petisiyalar və müraciətlər toplusu göndərməsi formasını alır. Bu, ermənilərin necə düşündüyünün və Sovet İttifaqının necə fəaliyyət göstərdiyinin göstəricisi idi: ermənilər heç vaxt problemin Bakıda – Azərbaycan paytaxtında həllini istəmirdilər.
SSRİ Ali Soveti Rəyasət Heyətinin Ukraynanın Rusiyaya birləşdirilməsinin üç yüz illiyi münasibətilə “Krım vilayətinin RSFSR-in tərkibindən çıxarılaraq Ukrayna SSR-in tərkibinə verilməsi haqqında” 19 fevral 1954-cü il tarixli fərmanı ermənilərdə keçmiş sərhədlərə yenidən baxılması məsələsində böyük ümidlər yaradır. Onlar bu hadisədən ruhlanırlar.
1960-cı illər ermənilərin Azərbaycan SSR-ə ərazi iddiaları ətrafında vəziyyətin yenidən kəskinləşməsi ilə əlamətdar olur. Bu mərhələnin başlanğıcı respublika rəhbərliyində növbəti dəyişikliklə və Vəli Axundovun Azərbaycan Kommunist Partiyası Mərkəzi Komitəsinin birinci katibi təyin edilməsi (1959-cu il) ilə üst-üstə düşür.
Məhz bu dövrdə Heydər Əliyevin respublikanın dövlət təhlükəsizlik orqanlarında sürətli karyera yüksəlişi baş verir. Heydər Əliyev 1960-cı ildə DTK-nın əks-kəşfiyyat şöbəsinin rəisi təyin olunur. Əlbəttə, xidməti vəzifəsi sayəsində Heydər Əliyev indi təkcə Ermənistanın ərazi iddiaları ətrafında baş verən qəfil dəyişikliklər barədə məlumatlı deyildi, həm də respublika rəhbərliyində məsul qərar verən əsas şəxslərdən biri idi.
Tarix üzrə təhsil alan (Ulu öndər 1957-ci ildə S.Kirov adına Azərbaycan Dövlət Universitetinin Tarix fakültəsinin qiyabi şöbəsini bitirmişdi), sonra uzun müddət dövlət təhlükəsizlik orqanlarına və respublikanın partiya təşkilatına rəhbərlik etmiş bir insan kimi Heydər Əliyev Ermənistanın Dağlıq Qarabağa iddialarının tarixini yaxşı bilirdi və bir müddət sonra, artıq Azərbaycan Prezidenti olarkən ölkə ziyalılarının nümayəndələri ilə görüşlər zamanı bu məsələyə dəfələrlə qayıdıb.
Heydər Əliyev bu problemin tarixinə ilk dəfə ətraflı şəkildə 1999-cu il fevralın 9-da Prezident Sarayında Naxçıvan Muxtar Respublikasının yaradılmasının 75 illiyinə hazırlıq üzrə komissiyanın üzvləri ilə görüşündə toxundu: “Dağlıq Qarabağa muxtar status verilməsi kəskin mübarizə şəraitində keçib. 1988-ci ildə ermənilər Dağlıq Qarabağa iddia etməyə başladıqda, onlar Stalin və Orconikidzeni ittiham etməyə başladılar. Guya onlar azərbaycanlıların təzyiqi altında Dağlıq Qarabağı Azərbaycana tərkibində saxlayıblar, amma biz Dağlıq Qarabağa muxtariyyət verilməsinin Azərbaycana qarşı yönəlmiş bir qərar olduğunu hesab edirik. Tarixi bilənlər və tarixi sənədlərlə tanış olanlar bilirlər ki, o vaxt Nərimanov və başqaları buna qarşı necə mübarizə aparıblar. Onların nail olduqları yeganə şey Dağlıq Qarabağı Azərbaycanın tərkibində saxlamaqdan ibarət olub. Tarixçilərə o da məlumdur ki, Moskvada, Tiflisdə, Zaqafqaziya Federasiyasında Dağlıq Qarabağın Ermənistana verilməsi məsələsi qaldırılanda Nəriman Nərimanov ciddi bəyanatla çıxış edərək bildirib ki, belə olan təqdirdə biz Rusiyaya neft tədarükünü dayandıracağıq. Məhz bu kəskin mübarizə nəticəsində belə bir qərar verilib”.
Ulu öndər Heydər Əliyev 10 noyabr 1999-cu ildə Azərbaycan yazıçılarının bir qrupu ilə Prezident sarayında görüşdə söhbət zamanı yenidən özünü Dağlıq Qarabağ məsələsinin tarixi üzrə mükəmməl bilici kimi nümayiş etdirdi: “Mən 14 il Azərbaycana başçılıq eləmişəm. Dağlıq Qarabağ muxtariyyətinin 1923-cü ildə yaranmasının tarixini çox yaxşı bilirəm. 1923-cü ildə Dağlıq Qarabağa muxtariyyət verilməsi Azərbaycanın başına bir bəla olub, bilin. Düzdür, o vaxtlar buranı Ermənistana vermək istəyirdilər. Azərbaycanın rəhbərləri çalışıblar və nəhayət, nail olublar ki, o, Azərbaycanda qalsın. Qalmalı idi, amma muxtariyyət yox! 1923-cü ildə verilən o muxtariyyət Azərbaycanın içinə qoyulmuş bir bombadır, nə vaxtsa partlamalı idi...”
1960-cı illərin əvvəllərində Qarabağ hərəkatının fəalları Ermənistan hakimiyyət orqanlarına təzyiq göstərməyə, onları aktiv hərəkətlərə vadar etməyə çalışırlar. 23-24 aprel 1961-ci il tarixlərində Ermənistan SSR ərazisində Mərkəzi Komitənin katiblərinə, Nazirlər Sovetinin sədrinə və sədr müavinlərinə, Ali Sovetin sədrinə, həmçinin, respublikanın bir sıra müəssisələrinin rəhbərlərinə yüzə yaxın anonim məktub göndərilir. Bu məktubların əsas məzmununu Zaqafqaziya respublikaları və Türkiyə tərkibində olan “əzəli erməni torpaqlarını” Ermənistana “qaytarmaq” tələbi təşkil edir.
Elə bu dövrdə “Daşnaksütyun” Partiyası agenturasının fəaliyyəti daha da aktivləşir. “Daşnaksütyun” xüsusilə sovet hökumətinin xaricdəki ermənilərin Sovet İttifaqına repatriasiyası barədə qərarından istifadə edərək, repatriasiya yolu ilə müəyyən ölkələrdən Ermənistan SSR-ə təxribatçı işlər görmək üçün agentlər göndərmək istəyir. Bu barədə SSRİ Nazirlər Soveti yanında DTK-nın 2-ci Baş idarəsi (əks-kəşfiyyat idarəsi) tərəfindən Azərbaycan DTK-nın 2-ci şöbəsinin rəisi Heydər Əliyevə 7 fevral 1962-ci ildə göndərilən gizli qeyddə bildirilir.
Sənəddə xarici daşnak təşkilatlarının əlaqələrini öyrənmək və aşkara çıxarmaq üçün konkret tədbirlər hazırlamaq, həmçinin, SSRİ sərhədinin Azərbaycan hissəsi üzərindən casusların qeyri-leqal keçdikləri təqdirdə onların tutulmasını təmin etməklə bağlı Heydər Əliyevə göstəriş verilirdi.
